สำนักงานเกษตรจังหวัดแม่ฮ่องสอน เป็นหน่วยงานส่วนภูมิภาคของกรมส่งเสริมการเกษตร มีการก่อสร้างเป็นสำนักงานเกษตรจังหวัดแม่ฮ่องสอนมาตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ. 2525 บนถนนขุนลุมประพาส ตำบลจองคำ อำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน มีหน้าที่ขับเคลื่อนงานพัฒนาการเกษตร โดยเฉพาะการถ่ายทอดเทคโนโลยีสู่การนำการเปลี่ยนแปลงของเกษตรกรให้สามารถประกอบอาชีพได้อย่างมั่นคง มีรายได้ที่มีคุณภาพชีวิตที่ดี เพื่อเกิดความมั่งคั่งและมีการรักในอาชีพเกษตรเพื่อความยั่งยืนในภาคเกษตร ซึ่งปัจจัยที่สำคัญหนึ่งที่จะทำให้งานส่งเสริมการเกษตรประสบความสำเร็จได้นั้น ส่วนหนึ่งเกิดจากการบริหารจัดการสำนักงาน โดยใช้หลัก “ครองตน ครองคน ครองงาน” ในการบริหารจัดการสำนักงานเกษตรจังหวัดแม่ฮ่องสอน
รายชื่อผู้บริหาร
| ชื่อ | สกุล | ดำรงตำแหน่ง |
| นายอรุณ | ซ่อนกลิ่น | ต.ค. 2517 |
| นายสัมผัส | สุพรรณกุล | ต.ค. 2517 – ก.ย. 2519 |
| นายชวลิต | อินทรทูต | ต.ค. 2519 – ก.ย. 2523 |
| นายนิเวศน์ | เชิงปัญญา | ต.ค. 2523 – ก.ย. 2526 |
| นายอนันต์ | อินทุโสภณ | ต.ค. 2526 – ก.ย. 2535 |
| นายสะอาด | พงษ์สุวรรณ | ต.ค. 2535 – ส.ค. 2538 |
| นายวัฒนา | ละอองศรี | ก.ย. 2538 – ก.ย. 2544 |
| นายพลภัทร | ศรีภักดี | ธ.ค. 2544 – ก.ค. 2547 |
| นายวรพงษ์ | กลางประพันธ์ | ต.ค. 2547 – ต.ค. 2549 |
| นายพนิต | เจริญบูรณ์ | พ.ย. 2549 – ต.ค. 2551 |
| ว่าที่ รต.สมสวย | ปัญญาสิทธิ์ | ก.พ. 2551 – ธ.ค. 2553 |
| นายณัฎฐกิตติ์ | ของทิพย์ | ธ.ค. 2553 – ธ.ค. 2554 |
| นายอุดมศักดิ์ | คำมูล | ม.ค. 2555 – ม.ค. 2556 |
| นายชาญยุทธ | มณีพงศ์ | ก.พ. 2556 – ก.ย. 2556 |
| นายวุฒิฉัตร | เสนีวงศ์ ณ อยุธยา | ม.ค. 2557 – ก.ย. 2561 |
| นายอัครพล | ขัติยะ | พ.ย. 2561 – ปัจจุบัน |